Zum ersten Mal wurde die Kirche im Jahre 1522 erwähnt. Während des Nordischen Krieges am Anfang des 18. Jahrhunderts wurde die Kirche von Schweden zerstört. Viele Jahre nachher stand in Molėtai eine hölzerne Kirche. Mit dem Bau der jetzigen Kirche hat man im Jahre 1900 angefangen. Im Jahre 1907 wurde die Kirche eingeweiht. Während des zweiten Weltkrieges wurde die Kirche ein wenig zerstört, und erst im Jahre 1977 wurden die gesprengten Türme wiederaufgebaut. Zur Zeit ist in einem der Türme das Museum der kirchlichen Reliquien . Die Kirche ist neo- barock, hat die Form eines lateinischen Kreuzes, zwei hohe Türme und besondere Fassade. Innen ist die Kirche gemütlich und hell. Altäre und Orgelprospekt sind neoklassisch. In der Kirche gibt es 12 wertvolle Kunstwerke.
